凈水活菌是近年在水產養殖業中發展起來的，是由多種化能異養菌組成的，具有改善水質多種功能的活菌產品。它們克服了光合細菌的不足，并且有氧化、氨化、硝化、反硝化、.解磷、硫化及固氮等作用。能將蝦的排泄物、殘餌、生物尸體等有機物迅速分解為二氧化碳、硝酸鹽、硫酸鹽等，不僅凈化了水質，并為單細胞藻類的繁殖提供了營養物質，促進藻類繁殖。這些藻類的光合作用，又為池內魚、蝦、微生物的呼吸、有機物的氧化分解提供氧氣，循此往復，形成一個良性的生態循環，保持適于對蝦生存的平衡環境，有.利于對蝦的迅速生長。同時由于上述細菌的大量繁殖，在池內形成優勢菌群，抑制病原微生物的滋生，減少蝦病的發生。
臺灣省生產的一種用于改良水質的活菌，是由氨氧化菌、硫化菌、甲烷氧化菌及纖維素分解菌等多種細菌及酵素的混合物，每克固體物含有I億個菌體，是一種有效地清除池底有機物的產品。有粉狀、粒狀及液態三種，在養殖的中、后期，每立方米水體投入0.25一1.0克，可直接撤入水中，使其更多地沉于池底。污染嚴重處多投，輕處少投。
