根據原環保部、水利部《關于印發<全國集中式飲用水水源地環境保護專項行動方案>的通知》(環環監〔2018〕25號)要求，甘肅省自2018年起，開展為期兩年的縣級及以上城市地表水型集中式飲用水水源地環境保護專項行動，督促指導市、縣人民政府開展集中式飲用水水源地排查和問題整改工作，保障人民群眾飲水安全。
全省在兩部委文件下發前，已根據原環保部2017年12月27日全國集中式飲用水水源地環境保護專項排查電視電話會議精神和原環保部辦公廳《關于開展全國集中式飲用水水源地專項排查工作的通知》(環辦環監〔2017〕94號)要求，聯合水利廳等相關廳局制定了《甘肅省縣級及以上集中式飲用水源保護區環境保護專項督查行動方案》，對全省縣級及以上集中式飲用水源保護區環境保護專項督查行動進行了先期安排。
為順利開展全省縣級及以上集中式飲用水水源地環境保護專項行動，按照兩部委通知要求，結合全省工作實際，省環保廳聯合省水利廳對原《甘肅省縣級及以上集中式飲用水源保護區環境保護專項督查行動方案》進行了修改完善，經省政府同意制定印發了《甘肅省縣級及以上集中式飲用水水源地環境保護專項行動實施方案》(甘環發〔2018〕49號)。要求全省立即行動，全面細致開展排查工作，依法依規確定集中式飲用水水源地保護區，完善保護區邊界標識，認真整治保護區內環境違法問題，重點檢查保護區內涉排污口、違法建設項目、網箱養殖、旅游餐飲、游船碼頭等問題。2018年年底，完成市(州)級及以上飲用水水源地環境保護專項整治，2019年年底，完成縣級及以上飲用水水源地環境保護專項整治。
為確保專項行動取得實效，省環保廳將聯合相關廳局，成立專項行動督查小組，適時進行監督檢查。對工作明顯滯后、整治進度遲緩的地區，采取通報批評、公開約談等措施，對情節嚴重的，實施問責。
